FAQ


Q1.Genomon-exome のインストールが成功したことを確認したいので,サンプルデータとその結果があれば教えてください.

サンプルのシーケンスファイル (FASTQ) と結果ファイルのセットをご用意しています.
下記の手順に従って実行してみてください.

			# まずは input ディレクトリに移動します.ディレクトリがない場合は作ってください.
			cd exome/data/input 
			# サンプルデータのダウンロード
			wget http://genomon.hgc.jp/data/exome/Simulation.tar.gz
			# input FASTQファイルを解凍します.
			tar xzvf Simulation.tar.gz
			
			# db ディレクトリに移動します.
			cd exome/db 
			# Simulation用のインターバルリストをダウンロードします.
			wget http://genomon.hgc.jp/data/exome/interval_list_hg19_simulation.tar.gz
			# インターバルリストを解凍します.
			tar xzvf interval_list_hg19_simulation.tar.gz
			
			# script ディレクトリに移動します.
			cd exome/script
			# コマンドを実行します.
			# コマンド実行.Command1. Alignment & Generate Summary Table 
			qsub map_bwa.sh Simulation 120917 SureSelect50M  # 第3引数にExonをキャプチャした範囲(領域)が書いてあるBEDファイルを指定してください.
			# コマンド実行.Command3. Realignment 
			qsub realign_gatk.sh Simulation 120917 normal tumor -i interval_list_hg19_simulation
			# コマンド実行  Command4. Mutation Calling (Fisher's Exact Text) & Annotation をリアライメントしていないbamファイルに対して
			qsub fisher_test.sh Simulation 120917_aligned normal tumor -t 120917 -g map_bwa -f ga.bam -i interval_list_hg19_simulation
			# コマンド実行  Command4. Mutation Calling (Fisher's Exact Text) & Annotation をリアライメントしたbamファイルに対して
			qsub fisher_test.sh Simulation 120917_realigned normal tumor -t 120917 -i interval_list_hg19_simulation
			# Command1,3,4 以外はこのサンプルデータでは利用できません.

結果ファイルはこちらからダウンロードしてください.ローカルのPCに落として Excel で開くことをお奨めします.
リアライメントしていない bam ファイルの結果
sum_Simulation_120917_aligned_tumor.exome.result.txt.gz
sum_Simulation_120917_aligned_tumor.genome.result.txt.gz
リアライメントした bam ファイルの結果
sum_Simulation_120917_realigned_tumor.exome.result.txt.gz
sum_Simulation_120917_realigned_tumor.genome.result.txt.gz

サマリーファイルの結果
summary.tar.gz

Q2.あるはずの Somatic Mutation がみつからないのですが・・・.

IGV を使用してbamファイルを確認してみましょう.

IGV (Integrative Genomics Viewer) を使用して bam ファイルをみてみましょう.bam ファイルを毎回ローカルPCにダウンロードするのは面倒なので,スパコンで見られるように設定しましょう.

手順1.IGV (Integrative Genomics Viewer) をダウンロードします.IGVのダウンロードにはユーザ登録が必要です.IGVのホームページにてユーザ登録が完了すると,ダウンロードページに画面が遷移します.[Binary Distribution] の IGV_(バージョン).zip のリンクアドレスをコピーしてください.次のコマンドで使用します.

			# IGV のダウンロード
			wget IGV_(バージョン).zip のコピーしたリンクアドレス
			# IGV の解凍
			unzip IGV_(バージョン).zip

手順2.FreeNXの設定をしましょう.設定方法はこちら:FreeNX利用方法

手順3.IGVを起動しましょう.まずはFreeNXを起動してスパコンにログインしましょう.ログインしたらKonsole ウィンドウを開きます.(デスクトップで右クリックすると一覧にKonsole ってでてきます.)Linuxのコンソールが起動されるので,その画面で下記のコマンドを打ち込みIGVを起動させます.これでIGVが起動されます.

			# IGV の起動
			bash ${IGVを解凍したディレクトリ}/IGV_(バージョン)/igv.sh

手順4.bamファイルを読み込みましょう.対象の mutation がbamファイルに存在するか確認しましょう.

IGVで確認してbam ファイルに mutation が存在しない場合.
 そもそもマッピングされていない mutation は mutation call もされません.サンプルの取り違いがないかを確認しましょう.『Copy number data 解析』を実施してサンプルの取り違いがないか確認をするが1つの方法です.

IGVで確認してmutation が存在する場合.
 mutation のmapping quality, base quality を確認しましょう.quality が低い場合は,『Mutation Calling (Fisher's Exact Text) & Annotation』で行われているフィルタリング処理で,対象のmutationのリードがフィルタされ,fisher 検定の対象ではなくなった可能性があります.
Mutation Calling (Fisher's Exact Text) & Annotation』では,mapping quality もしくはbase quality の変更が可能ですので変更して実施してみてください.

		# mapping quality = 20, base quality = 10 にする場合
		qsub fisher_test.sh -m 20 -b 10 sample01 120430 normal tumor

		# デフォルトでは mapping quality = 30, base quality = 15 となっています.
		# フィルタの閾値を下げると,結果としてFalse Positive が増加します.
		# サンプルによって適切な値を設定してください. 

Q3.Copy Number データ解析ツールだけを更新したいのですが・・.

可能です.

まずはGenomon-exome パッケージをローカルPCにダウンロードしてください.
https://github.com/Genomon/exome_for_HGC/downloads
上記のWebページから .zip or .tar.gz ファイルのどちらでも良いのでダウンロードしてください

ダウンロードしてきたファイルをローカルPCで解凍します.
Genomon-exome_for_HGC-1.0-1-gc831ea8.zip ←ダウンロードした,このようなファイルを解凍する.

解凍したディレクトリの直下の階層にある「copy_number」ディレクトリをHGCスーパーコンピュータにアップロードします.アップロードするディレクトリはGenomon-exome ディレクトリ内でOKです.
アップロードするディレクトリの場所がどこかわからない場合は「Directory Structure 」を参照して,Directory Structureの図と同じ場所に「copy_number」をアップロードしてください.また,このFAQでもわからない場合は こちら までご連絡ください

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