How To Install Genomon-fusion
Genomon-fusion は Genomon-fusion License のもとで配布されているパイプランソフトウェアです． ヒトゲノム解析センター(HGC)のスーパーコンピュータ にのみ対応しています． ライセンスの元で自由に使用・改変・再配布が可能です．このインストールマニュアルはHGCのスーパーコンピュータ上で行うことを前提として記載しております．
Links inside this page:
Download Genomon-fusion
Writing The Set up Configuration File
Directory Structure
Download Data Set on HGC Super Computer
Download Software on HGC Super Computer
Install Data Set & Software on HGC Super Computer
Download Genomon-fusion
Genomon-fusionプロジェクトを下記URL(github)からローカルマシンにダウンロードします．拡張子が.tar.gz か.zipのファイルをダウンロードしてください．ダウンロードしたRNAseq_for_HGC-RB_${バージョン}.tar.gz (.zip)をスーパーコンピュータ上のホームディレクトリ配下の任意のディレクトリにアップロードします．ローカルマシンのOSがwindowsの場合は，winSCP を使用してのアップロードをお勧めします．
Genomon-fusion ダウンロードページ: https://github.com/Genomon/RNAseq_for_HGC
スーパーコンピュータにログインします．Genomon-fusionプロジェクトをアップロードしたディレクトリに移動して，tar.gzファイルを解凍します．ファイルを解凍したら名前を変更しましょう．
# Install Genomon-fusion
cd ${Genomon-fusionをアップロードしたディレクトリ}
tar xzvf RNAseq_for_HGC-RB_${バージョン}.tar.gz #もしくは unzip RNAseq_for_HGC-RB_${バージョン}.zip
mv RNAseq_for_HGC-RB_${バージョン} RNAseq
Writing The Set up Configuration File
RNAseq/script/conf/rna.env の設定ファイルを書き換えます．基本的にはGenomon-fusion のインストールディレクトリを変更すれば完了です．
インストールするソフトウェアのバージョンが異なる場合は書き換えてください．
# ${HOME}をGenomon-fusionをインストールしたディレクトリに書き換えてください．
WORKDIR=${HOME}/RNAseq
REFDIR=${WORKDIR}/ref
DBDIR=${WORKDIR}/db
LOGDIR=${WORKDIR}/log
TEMPDIR=${WORKDIR}/temp
BINDIR=${WORKDIR}/bin
# インストールするソフトウェアのバージョンが異なる場合は変更してください．
# このマニュアルの通りにインストールする場合は変更する必要はありません．
SAMTOOLS_PATH=${BINDIR}/samtools-0.1.18
BOWTIE_PATH=${BINDIR}/bowtie-0.12.7
BOWTIE_INDEX=${REFDIR}/knownGene_bowtie/knownGene
PICARD_PATH=${BINDIR}/picard-tools-1.39
JAVAPATH=/usr/local/package/java/current6/bin
MAQ_PATH=/usr/local/bin/maq
CAP3_PATH=${BINDIR}/CAP3
FASTA_PATH=${BINDIR}/fasta-36.3.5c/bin
BEDTOOLS_PATH=${BINDIR}/BEDTools-Version-2.14.3/bin
BLAT_PATH=${BINDIR}/blat
BLAT_REF=${REFDIR}/hg19/hg19.2bit
BLAT_ALL_REF=${REFDIR}/hg19/hg19.all.2bit
BLAT_HEADER=${REFDIR}/hg19/hg19.header
BLAT_OOC=${REFDIR}/hg19/11.ooc
REF_FA=${REFDIR}/hg19/hg19.fasta
ALLGENEREF=${DBDIR}/fusion/allGenes.fasta
INTERVAL=${DBDIR}/interval_list_hg19_nongap
UTIL=${WORKDIR}/script/lib/utility.sh
COMMAND_MAPPING=${WORKDIR}/script/command_mapping
COMMAND_FUSION=${WORKDIR}/script/command_fusion
Directory Structure
全てのデータセットとソフトウェアのインストール完了後のディレクトリ構成です．
Download Data Set on HGC Super Computer
※ここではGenomon-fusionパイプラインが呼び出すデータセットのダウンロードの方法が記載されています．
各データセットのライセンスについてご理解のうえダウンロードしてください．Genomon-fusionとは別ライセンスになります．
まずはインストールに必要なディレクトリを作成しましょう．
# install ディレクトリに移動したあとに makeコマンドを実施
cd ${Installディレクトリ}/RNAseq/install
make directory
UCSC が公開しているGeneファイルをダウンロードして RNAseq/db/fusion ディレクトリに配置します．
# Change directory & Download hg19 Gene Data
cd ${Installディレクトリ}/RNAseq/db/fusion
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg19/database/knownGene.txt.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/refGene.txt.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/ensGene.txt.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/chainSelf.txt.gz
UCSC が公開しているhg19 FASTAファイルをダウンロードして RNAseq/ref/hg19/major ディレクトリに配置します．
# Change directory & Download hg19 FASTA (major)
cd ${Installディレクトリ}/RNAseq/ref/hg19/major
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr1.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr2.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr3.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr4.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr5.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr6.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr7.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr8.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr9.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr10.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr11.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr12.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr13.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr14.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr15.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr16.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr17.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr18.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr19.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr20.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr21.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr22.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrX.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrY.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrM.fa.gz
次はchrUnとかのFASTAですね．ダウンロードするディレクトリが[major⇒minor]に変わっているので気を付けてください．
hg19 FASTAファイルをダウンロードして RNAseq/ref/hg19/minor ディレクトリに配置します．
# Change directory & Download hg19 FASTA (minor)
cd ${Installディレクトリ}/RNAseq/ref/hg19/minor
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr1_gl000191_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr1_gl000192_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr4_gl000193_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr4_gl000194_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr7_gl000195_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr8_gl000196_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr8_gl000197_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr9_gl000198_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr9_gl000199_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr9_gl000200_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr9_gl000201_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr11_gl000202_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr17_gl000203_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr17_gl000204_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr17_gl000205_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr17_gl000206_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr18_gl000207_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr19_gl000208_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr19_gl000209_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr21_gl000210_random.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000211.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000212.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000213.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000214.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000215.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000216.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000217.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000218.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000219.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000220.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000221.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000222.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000223.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000224.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000225.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000226.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000227.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000228.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000229.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000230.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000231.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000232.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000233.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000234.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000235.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000236.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000237.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000238.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000239.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000240.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000241.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000242.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000243.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000244.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000245.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000246.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000247.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000248.fa.gz
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrUn_gl000249.fa.gz
Download Software on HGC Super Computer
※ここではGenomon-fusionパイプラインが呼び出すオープンソフトウェアのダウンロードの方法が記載されています．
各ソフトウェアのライセンスについてご理解のうえダウンロードしてください．Genomon-fusionとは別ライセンスになります．
下記はHGCスーパーコンピュータ環境でのダウンロード＆インストール（コンパイル）方法です．使用する環境によりダウンロードするソフトウェアやコンパイルの方法が異なります．
ダウンロードするソフトウェアはすべて RNAseq/bin ディレクトリ内で行ってください．
# Change directory
cd ${Installディレクトリ}/RNAseq/bin
CAP3 をダウンロード＆解凍します．
# Download fasta36 wget http://seq.cs.iastate.edu/CAP3/cap3.linux.opteron64.tar tar xvf cap3.linux.opteron64.tar
fasta36 をダウンロード＆解凍します．
# Download fasta36 wget http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta/fasta36/fasta-36.3.5c.tar.gz tar xzvf fasta-36.3.5c.tar.gz
Picard をダウンロード＆解凍します．
# Download Picard wget http://sourceforge.net/projects/picard/files/picard-tools/1.39/picard-tools-1.39.zip wget http://sourceforge.net/projects/picard/files/picard-tools/1.39/README.txt unzip picard-tools-1.39.zip mv README.txt picard-tools-1.39.README.txt
SAMtools をダウンロード＆解凍します．
# Download SAMtools wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.18/samtools-0.1.18.tar.bz2 tar xjvf samtools-0.1.18.tar.bz2
bedtools をダウンロード＆解凍します．
# Download bedtools wget http://bedtools.googlecode.com/files/BEDTools.v2.14.3.tar.gz tar zxvf BEDTools.v2.14.3.tar.gz
Bowtie をダウンロード＆解凍します．
# Download Bowtie wget http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie/0.12.7/bowtie-0.12.7-linux-x86_64.zip unzip bowtie-0.12.7-linux-x86_64.zip
Blat をダウンロードします．
# Blatをダウンロードするときは ${Installディレクトリ}/RNAseq/bin/blat ディレクトリに移動します．
cd blat
# Download Blat
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/blat/blat
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/faToTwoBit
Install Data Set & Software on HGC Super Computer
ダウンロードしたデータセットやソフトウェアをインストール（コンパイル）します．
依存関係がありますので記載されている順番でコマンドを実行してください
１．データセットに依存しないソフトウェアのコンパイル
# Compile samtools. samtoolsのディレクトリに移動したあとmakeコマンドを実施 cd samtools-0.1.18 make # Compile bedtools. bedtoolsのディレクトリに移動したあとmakeコマンドを実施 cd BEDTools-Version-2.14.3 make clean make all # Compile fasta36. fasta36のディレクトリに移動したあとmakeコマンドを実施 cd fasta-36.3.5c/src make -f ../make/Makefile.linux_sse2 all
２．データセットのインストール
# install ディレクトリに移動したあとに makeコマンドを実施
cd ${Installディレクトリ}/RNAseq/install
make dataset
３．データセットに依存するソフトウェアのインストール
# install ディレクトリに移動
cd ${Installディレクトリ}/RNAseq/install
# Build bowtie
../bin/bowtie-0.12.7/bowtie-build ../ref/knownGene_bowtie/knownGene.fasta ../ref/knownGene_bowtie/knownGene
# blat で使用するデータを作成
chmod 750 ../bin/blat/*
../bin/blat/faToTwoBit ../ref/hg19/hg19.fasta ../ref/hg19/hg19.2bit
../bin/blat/faToTwoBit ../ref/hg19/hg19.all.fasta ../ref/hg19/hg19.all.2bit
../bin/blat/blat -makeOoc=../ref/hg19/11.ooc -repMatch=2253 -tileSize=11 ../ref/hg19/hg19.2bit test.fa test.psl
rm test.psl